Jeanne sinh năm 1312,[2] là con gái của vua Louis I của Navarra và người vợ đầu, Marguerite xứ Bourgogne.[2][3] Cha bà là con trai lớn nhất và là người thừa kế của vua Pháp Philippe IV và nữ vương Jeanne I của Navarra.[4]

Mẹ của Jeanne, Marguerite và chị dâu của Marguerite, Jeanne và Blanche, đã bị bắt cùng với hai hiệp sĩ, anh em Philippe và Walter xứ Aunay, vào năm 1314.[5]  Sau khi bị tra tấn, một người đã thú nhận rằng họ đã từng là tình nhân của Marguerite và Blanche trong ba năm[5]. Anh em nhà Aunay sớm bị xử tử, và Marguerite và Blanche bị cầm tù.[5] Trước đó không lâu, Marguerite đã chết trong nhà tù của mình ở Château Gaillard.[5] Sau vụ bê bối, tính hợp pháp khi là một công chúa của Jeanne trở nên đáng ngờ, bởi vì mẹ bà bị buộc tội đã ngoại tình vào khoảng năm sinh của Jeanne.[6]

Philippe IV qua đời vào ngày 26 tháng 11 năm 1314 và cha của Jeanne trở thành Louis X của Pháp, cũng như Louis I của Navarra.[7] Louis đã tuyên bố rằng Jeanne là con gái hợp pháp của ông trên giường bệnh,[6] khi ông đang hấp hối.[2] Ông mất vào ngày 5 tháng 6 năm 1316. Người vợ thứ hai của ông, Clémence của Hungary, đang mang thai. Theo thỏa thuận của các lãnh chúa mạnh nhất của Pháp, được hoàn thành vào ngày 16 tháng 7, nếu Clementia sinh con trai, con trai sẽ lên ngôi Vua Pháp, nhưng nếu sinh con gái, thì đứa con gái đó và Jeanne có thể chỉ thừa kế Vương quốc Navarra và các lãnh địa bá tước Champage và Brie (ba lãnh địa mà Louis X được thừa hưởng từ mẹ của ông, Jeanne I của Navarra)[8]. Nhưng cuối cùng, Clementia sinh ra một đứa con trai và được lên làm vua, nhưng chỉ 5 ngày tuổi đã qua đời, là Jean I của Pháp cũng như Navarra. Người ta cũng đồng ý rằng Jeanne sẽ được gửi đến người thân của mẹ bà ở Bourgogne, nhưng cuộc hôn nhân của bà cũng không thể được quyết định nếu không có sự đồng ý của các thành viên hoàng tộc Pháp.[8]